西元1858年「天津條約」及1860年「北京條約」簽訂後，滬尾成為臺灣通商口岸之一，列強自此享有內河航行權。1862年正式開關徵稅，1863年英國人侯威爾(John William Howell)擔任滬尾洋關首任稅務司，開啟了洋人掌管臺灣海關的時代。

滬尾洋關為清代臺灣第一所管理對外貿易的關稅機構，並兼管雞籠(基隆)、安平、打狗(高雄)等分關。日據時期由於淡水港淤積日益嚴重，海關總關遂於1916年自淡水移出，並於1921年轉移至基隆港。

1945年臺灣光復後，淡水海關碼頭轉由現今政府管理，其後曾歷經海光藝工隊、河搜(海巡)單位、海軍海蛟四中隊及陸戰隊警三營警七連等國軍單位駐守，並逐一增建鋼筋混凝土房舍。2000年6月，新北市政府將淡水海關碼頭公告為市定古蹟，並於2014年轉型為文化園區對外開放，由於碼頭河岸視野遼闊景緻優美，也成為遊客遠眺淡水落日餘暉的最佳景點。